Jusqu’au 14e siècle, cette région du Haut Jura est inhabitée car isolée et difficilement accessible. Les premiers résidents sont des familles d’agriculteurs qui se dispersent dans des hameaux qui
portent leur nom, Leuba, Jeannet ou Bourquin.
La première mention officielle de « La Côte-aux-Fées » remonte à 1337 lorsque le comte Thiebaut encourage tous ceux qui souhaiteraient y vivre et rendre le lieu profitable, en leur
accordant permissions et privilèges.
En 1492, La Côte-aux-Fées est rattachée à la Mairie des Verrières mais obtient bientôt ses propres délimitations territoriales, en 1551.
Le 18e siècle apporte la prospérité au village ; l’horlogerie qui émerge s’implante d’abord dans les fermes isolées, puis dans de véritables ateliers de production d’où les montres sortent
toujours plus nombreuses, précises et luxueuses. La Côte-aux-Fées devient une commune riche et n’a de cesse de demander son indépendance. Le 27 novembre 1826, le Conseil d’Etat la lui accorde,
160 ans après sa première demande. La Côte-aux-Fées devient alors une commune à part entière.
En 1831, un vent de Révolution souffle sur toute l’Europe, jusque sur les crêtes de la Côte-aux-Fées. Alors que le roi Louis-Philippe n’a toujours pas abdiqué en France, une première tentative de
révolution est amorcée dans la principauté de Neuchâtel. Elle part précisément de la Côte-aux-Fées mais n’aboutira pas. La troisième tentative sera finalement la bonne, élaborée au Locle et à La
Chaux-de-Fonds ; la République du canton de Neuchâtel se verra proclamée en le 1er mars 1848.
Cependant, une question demeure pour les historiens… d’où vient donc le curieux surnom des habitants de la Côte-aux-Fées, les « Niquelets » ? Plusieurs théories s’affrontent :
pour certains, il s’inspirerait du prénom « Nicolas » ; pour d’autres il se rapprocherait plutôt des « miquelet », les bandits espagnols qui sévirent quelques années dans
la région ; pour les derniers enfin, il viendrait du mot « nique », ancienne monnaie de valeur.
Ancien plan de la Côte-aux-Fées, 1875